Hovedstyret har den sentrale myndighet i Baptistkirken Norge mellom Landsmøtene, og fatter vedtak i samsvar med fullmakter fra Landsmøtet.

Hovedstyret har ansvaret for å presisere målsetninger og å trekke opp retningslinjer og rammer for Baptistkirken Norges virksomhet, og i den forbindelse fremme de nødvendige forslag for Landsmøtet. Det legger fram for Landsmøtet rapporter, regnskaper budsjett og arbeidsplaner/arbeidsmål som ikke hører inn under andre arbeidsgrener i Baptistkirken Norge.

Hovedstyrets medlemmer velges av landsmøtet for tre år om gangen. Tre er på valg hvert år.  Hovedstyreleder velges av landsmøtet blant styrets medlemmer. Det velges fire vararepresentanter i prioritert rekkefølge for et år om gangen.

Referater fra styret finnes i mapper pr år nederst på siden.

Hovedstyret

Leder:
Sten Sørensen, Ålgård Baptistmenighet

Medlemmer:

Hermod Bakkevoll, Andenes Baptistmenighet, nestleder
Kari Nøtland Sæthre, Skien baptistkirke, sekretær
Eugene Nkuranyabahizi, Sandnes Baptistmenighet
Knut Olaf Frikstad, Grøtavær Baptistmenighet
Jorunn Singstad Djupvik, Eidsvoll  Baptistmenighet
Olav Berg, Baptistkirken Lillehammer
Hau Phuc Doan, Den vietnamesisk baptistmenigheten
Kjell Arne Falla, Trondheim Baptistmenighet

Vararepresentanter:

1. Pwe Klu Moo Heing, Jerusalem Karen Baptistmenighet, Evje
2. Øyvind Lorentzen, Baptistkirken Brumunddal
3. Tial Zing Hnem, Calcary Chin Church, Hamar
4. Zack Dove, Home Church, Oslo

Hovedstyret møtes normalt fem ganger i året. I september, november, februar, april og i forkant av landsmøtet.
Styret har et arbeidsutvalg. Det består i tillegg til styreleder av Hermod Bakkevoll (nestleder), Kari Nøtland Sæthre (sekretær) og Eugene Nkuranyabhizi
Generalsekretæren møter fast i arbeidsutvalget og øvrige stab ved behov. Arbeidsutvalget arbeider etter mandat gitt av hovedstyret.

Første vara møter fast i hovedstyret.